La nave
Nave de tres tramos con capillas hornacinas
La nave sigue el modelo de la iglesia como espacio de predicación que se impuso durante el siglo XV, una nave con tres tramos y capillas entre los contrafuertes. Estas capillas hornacinas, cubiertas con bóveda artesonada, se abren a la nave por medio de arcos de medio punto que se proyectan en el muro opuesto como arcos ciegos. Concebidos como arcos de triunfo, están enmarcados por medias columnas completadas con el orden corintio, símbolos ambos del triunfo sobre la muerte, que soportan un entablamento que circunda toda la iglesia. Este entablamento, además de servir de articulación arquitectónica de la nave y la rotonda cumple la función, de acuerdo con las condiciones de 1536, «de anden por donde se andará por lo alto de toda la capilla mayor e la nave de la yglesya e asy mesmo podrá esto servir para musyca de organos o de menestriles altos«. [imagen 1]
La nave está cubierta por bóvedas de crucería de tradición gótica, «lo más débil de toda la obra» al decir de Chueca Goitia y que no parecen deducirse de las condiciones anteriormente citadas de 1536, si no que parecen una adición posterior, ajena a Diego de Siloé. [imagen 2]
A los pies de la nave, una bóveda muy rebajada que descansa sobre los contrafuertes de su primer tramo soporta una amplia tribuna para la cual Blas de Briño labró un espléndido coro entre 1556 y 1561 que fue desmontado y parcialmente expoliado durante la guerra civil y que actualmente se encuentra en restauración.