Sebbene Diego Tavera, nipote e testamentario del cardinale e futuro vescovo di Jaén, abbia firmato il contratto di commissione di questo sepolcro solo il 20 agosto 1554, è documentato che il ".statuario e immaginario"Berruguete", come viene chiamato Alonso Berruguete, ci stava lavorando dall'aprile del 1552, sei mesi prima che il corpo del prelato fosse trasferito a Toledo.
Dai periti del sepolcro sappiamo che il suddetto contratto - ad oggi non ritrovato - fissava un prezzo di 3000 ducati per l'opera e obbligava lo scultore a prendere come modello il sepolcro che Bartolomé Ordoñez aveva scolpito per il cardinale Cisneros nel 1524. Il prezzo concordato fu il più alto mai stipulato per un sepolcro e 900 ducati in più rispetto a quello pagato per il sepolcro da prendere a modello, indice del prestigio di cui godeva Berruguete alla metà del XVI secolo (M. J. Redondo Cantera, 1987, p. 39). Ci informa anche dell'obbligo di scolpirlo in marmo di Carrara, obbligo che, nel 1558, per contratto con lo scultore e mercante Juan de Lugano, fu qualificato aggiungendo che doveva provenire dalla cava del Polvaccio, la stessa da cui si riforniva Michelangelo, requisito in cui Manuel Arias vede un ultimo omaggio di Berruguete "...".al suo più venerato maestro".
Questo stesso documento di valutazione, fornito da Fernando Marías (2007), confuta l'ipotesi tradizionale che la morte dello scultore in ospedale gli abbia impedito di completarlo. Poco prima di "il saggio artista che ha portato la luce dell'Italia nella nostra terraIl 13 settembre 1561, Nicolás de Vergara il Vecchio e il pittore Francisco de Comontes - periti nominati rispettivamente dall'ospedale e dallo scultore - certificarono, dopo un'analisi approfondita di ogni elemento, un processo durato dodici giorni, che Berruguete era conforme al modello sepolcrale del cardinale Cisneros, "...e che lo scultore, che doveva morire in una stanza sotto la torre dell'orologio, era quello che, dopo la morte di suo padre, era destinato a morire".con un grande miglioramento"in molte delle sue parti.
Nonostante la forzatura implicita nel riferimento obbligato alla tomba di Cisneros, coloro che l'hanno studiata meglio, Manuel Arias e Fernando Marías, concordano nel sottolineare che in quest'opera Berruguete rompe radicalmente con il modo codificato di presentare le scene narrative in questo tipo di monumento, poiché, sui quattro lati, lo scultore rinuncia alle cornici di nicchie e colonne, cosicché le "...scene sono presentate allo stesso modo della tomba di Cisneros", e le "scene narrative sono presentate allo stesso modo della tomba di Cisneros", come nella "tomba di Cisneros".figure che spuntano dal supporto in pietra"Nelle parole del primo, "quasi nello stesso modo in cui le forme delle figure michelangiolesche emergevano"in quelli del secondo".
Il programma iconografico si apre con il tema dell'imposizione della casula a sant'Ildefonso, chiara allusione alla sua condizione di successore nella mitra primatizia di questo patrono di Toledo, padre della Chiesa, e si chiude, o si apre, agli occhi dei fedeli che accorrono alla cappella, con l'immagine in tondo della virtù della Carità, la più importante delle virtù teologali per chi ha dedicato gli ultimi anni della sua vita al problema politico e dottrinale della povertà, preoccupazione che lo ha portato a fondare l'istituto assistenziale in cui è stato infine sepolto. Il lato del Vangelo è dedicato alla figura titolare della chiesa, San Giovanni Battista - come annunciano i simboli del suo martirio che ornano le metope della trabeazione, la lama che lo decapitò e il paternoster su cui la sua testa fu presentata a Salomè - la cui vita è riassunta in due scene, il Battesimo di Cristo e la sua decapitazione, affiancate da un tondo con la sua figura che indica un agnello, citazione del passo evangelico in cui il Battista dice "...".Ecco l'Agnello di Dio che toglie il peccato del mondo."(Giovanni 1:29). L'altro lato, con un'identica struttura compositiva, è dedicato all'apostolo San Giacomo - un riferimento alla sede episcopale che il cardinale aveva occupato prima di quella di Toledo - con le scene della battaglia di Clavijo e della traslazione delle sue spoglie a Compostela, che circondano il tondo con l'effigie di San Giacomo Pellegrino. Come in quello di Cisneros, gli angoli laterali sono occupati da quattro aquile che, in questo caso, potrebbero simboleggiare il titolo cardinalizio del cardinale, San Juan ante portam Latinam.
La figura supina si distingue per la qualità e la preziosità dei rilievi del pastorale, del cuscino e del mantello pluviale, che contrastano con l'assenza di qualsiasi idealizzazione in un volto che trasmette tutto il pathos della morte, come si evince dalla maschera mortuaria che lo scultore fece rimuovere dal cadavere e che è ancora conservata nella sacrestia dell'Ospedale. Ai quattro angoli, le posture forzate delle quattro virtù cardinali sono in linea con lo stile di Berruguete, mentre le acconciature e le pieghe delle vesti evocano il Raffaello della Stanza della Segnatura. Al centro di ciascuno dei lati si trovano figure di putti, la cui sconsolazione, nei lati lunghi, li costringe a scorci impossibili e, nei lati corti, reggono lo stemma del cardinale o un cartiglio che, alla morte di Berruguete, rimase senza iscrizione.
