Escultor activo en Andalucía en la segunda mitad del siglo XVI, cuyo lugar y fecha de nacimiento se ignoran y del que solo se tiene noticia a partir de su llegada a Granada en 1563. Su acusado manierismo ha incitado a especular con una formación romana e incluso un origen italiano, del que su apellido sería indicio, como castellanización del topónimo Pescara. En 1571, posiblemente huyendo de la rebelión de las Alpujarras, se establece en Sevilla, donde entra al servicio de la catedral y, poco después, junto con Bartolomé Morel y el arquitecto Asensio Maeda, colabora con el Asistente de la ciudad, Conde de Barajas, en proyectos de saneamiento y embellecimiento urbanísticos, de los que únicamente han sobrevivido las representaciones idealizadas de Carlos I y Felipe II como Hércules y Julio César que, sobre columnas triunfales, presiden La Alameda y la copia dieciochesca del Mercurio Argifontes de la Plaza de San Francisco. Después de su intervención en La Alameda, en 1575, Pesquera es llamado por el II duque de Alcalá para encargarle las estatuas orantes de su suegra Juana de Zúñiga, viuda de Hernán Cortes, y de su cuñada Catalina Cortes, y por el alcaide del Alcázar para encomendarle la deidad y el resto de las piezas broncíneas del Estanque de Mercurio, cuyos modelos en barro entregó a Bartolomé Morel para su fundición y dorado, conjuntos que aún sobreviven.
Su estancia en Sevilla concluyó esculpiendo para la Catedral la estatuaria del Antecabildo, según programa iconográfico diseñado por el canónigo Francisco Pacheco, dejándolo inconcluso al abandonar Sevilla en mayo de 1580, razón por la que no hay consenso sobre qué obras de este conjunto atribuirle. No obstante, la atribución más segura es la serie de figuras de las Virtudes, de una de las cuales, de la Templanza, se conserva carta de pago de 1577. Todas ellas están inspiradas en modelos de la Antigüedad Clásica y La Prudencia está literalmente basada en la Ceres de la colección arqueológica de la Casa de Pilatos que, unos años antes, entre 1568 y 1571, había enviado a Sevilla, desde Nápoles, su virrey, el I duque de Alcalá, corroborando lo que las crónicas afirman de dicha colección como fuente de aprendizaje y estudio para los escultores de la Sevilla del Siglo de Oro.
En 1582, Pesquera está documentado en México trabajando para el Convento de Santo Domingo, donde, por otro documento de su catedral, se sabe que, en 1587, ya había fallecido.