Fue el hijo mayor de una las principales figuras de la pintura hispana del último cuarto del siglo XV, Pedro Berruguete, en cuyo taller debió empezar su formación. Tras el temprano fallecimiento de su padre en 1503, marcho a Italia para completar su formación, residiendo en Florencia y Roma, entre fechas discutidas, siendo las más aceptadas 1506, para la partida y 1518 para el regreso. Allí encontró una cierta protección de Miguel Ángel en cuyo círculo florentino se integró a través d Francesco Granacci.
Lo seguro es que en 1518 está ya en España para realizar el sepulcro del más alto dignatario de la recién llegada corte carolina, el del canciller Selvaggio (Jean Sauvage) en Zaragoza, lo que demuestra que tenía ya cierto nombre. Continuará posteriormente sirviendo entre los artistas de la corte e integrándose en el círculo del arquitecto real Alonso de Covarrubias. El encargo en 1526 del retablo de San Benito el Real de Valladolid, marca un antes y un después en su vida y obra, pues le permitiría construirse una residencia palaciega en Valladolid acorde con sus pretensiones sociales y formar un taller numeroso con el que poder atender grandes encargos. De Italia no trajo únicamente ideas y formación sino también un esquema moderno del trabajo del artista que , en palabras de Manuel Arias “se asentaba en el dibujo, de acuerdo con los postulados establecidos en Italia, que es donde se había forjado su arte. Berruguete ejerce como maestro, trazando dibujos y bocetos, realizando cartones que sus oficiales pasaban al soporte final”.
Sus dos centros de producción fueron Valladolid, donde tenía su residencia y taller y Toledo donde realizará su obra de madurez al encontrar el mecenazgo e incluso la protección del cardenal Tavera quien, probablemente, ya en 1523, siendo presidente de la Real Chancillería de Valladolid, le había conseguido una escribanía del crimen. En Toledo realizará su obra magna, la sillería de su catedral y su última obra, el sepulcro de su gran benefactor e incluso encontrará la protección del canónigo fabriquero, Diego López de Ayala, quien posiblemente, como uno de los encargados del programa iconográfico de la Capilla del Salvador de Úbeda, le facilitaría el ser llamado por la viuda de Francisco de los Cobos, María de Mendoza, para encargarle el Retablo de la Transfiguración.
Su estilo se caracteriza por intensidad emocional y el movimiento dramático de sus personajes, con una cierta despreocupación, a veces, por la factura técnica. Dentro de su producción abundan los retablos y las sillerías de coro como la mencionada para la catedral de Toledo (1539-1548), donde labra sobre el nogal, sin policromía alguna, una maravillosa galería de figuras de profetas y santos en actitudes variadísimas y animados de intensa vida interior. Otras obras maestras, además de las ya citadas anteriormente, son los retablos de Mejorada de Olmedo (1526), el de San Benito de Valladolid (1526-1532), en el que se representan en relieve escenas de los benedictinos y de la vida de Cristo, y el de la Adoración de los Reyes (1537) también en Valladolid.
