Este instrumento de dos teclados de 51 notas (C-d''') colocados en ventana y ocho contras de 26, tapadas, de caja neoclásica y registración sonora barroca, fue construido en 1795 por Francisco Javier Fernández, expoliado durante la guerra civil y vuelto a restaurar entre 2001 y 2008.
LA SUSTITUCION DEL ÓRGANO PRIMITIVO
Por un inventario de bienes de la Capilla, realizado en el año 1634, sabemos que a mediados del siglo XVII existían dos órganos, un realejo adquirido en 1632 y puesto en el coro y un “órgano grande con sus repartimientos de cañones adornado en su caja de madera dorado y negro tiene por remate un escudo de armas con dos angelillos a los lados...” que situado, como el actual, en el lado de la epístola había sido encargado por María de Mendoza y concluido antes de 1568. El órgano era la pieza central de una capilla musical que, compuesta por un maestro organista y seis mozos de coro, fue ampliada por los nuevos estatutos de 1568 agregándole cinco capellanías destinadas a un maestro de capilla y cuatro cantores con voz de tiple, contralto, tenor y bajo. A estos habría que añadir un número indeterminado de ministriles que, por no formar parte del clero, no se contemplaban en los estatutos pero que actuaban conjuntamente con los cantores. 
En 1790 Doña Baltasara Teresa Sarmiento de Mendoza, X marquesa de Camarasa, ordenó la inspección del órgano construido “más de dos siglos haze” para decidir si merecía la pena repararlo o era preferible su sustitución. Todos los peritos llamados coincidieron más o menos en que “sería tan costosa su composición, o poco menos que hazerlo nuebo; en cuia inteligencia y en la de que mas bien es indecencia que culto la Divina Majestad tocar el órgano en los terminos que se halla, formo dos planes para su remedio; uno de compostura, con los adelantos que según el buque y magnitud de la Iglesia me han parecido deberse hazer y otro del todo nuevo con igual numero de registros para que se elija el que mejor acomode.”
El resultado, obra ya de don Domingo Gayoso de los Cobos que había sucedido a doña Baltasara en 1791, fue el encargo en 1795 de un nuevo órgano ubicado en el mismo sitio que el antiguo, en el lado de la Epístola, junto a la tribuna del Coro Alto, pero de mayores dimensiones lo que obligó a ampliar el balconcillo y a ocultar parte de la policromía de la cornisa, modificaciones que todavía son claramente apreciables. Se encomienda el proyecto a uno de los organeros que habían inspeccionado el anterior, Francisco Javier Fernández, por contrato de fecha 9 de Octubre de 1795.
LA FACHADA: CAJA, CONSOLA Y TUBERIA
La fachada, cuya estructura se conservaba prácticamente íntegra, está decorada con columnas con basas y capiteles jónicos, dinteles y cornisas. Excepto los capiteles y las basas de las columnas que están doradas, el resto de la caja del órgano tiene una policromía jaspeada marrón y verde. Está dividida por la trompetería de batalla en dos secciones. En la sección inferior hay dos puertas de acceso ubicadas en ambos extremos y, al centro, dos teclados situados en ventana que tienen a uno y otro lado los tiradores de registros colocados al tresbolillo, más altos los del órgano mayor y más bajos los del órgano de cadereta. La sección superior está conformada por tres castillos de tubos distribuidos entre cuatro columnas corintias, rematadas por capiteles jónicos con sus dinteles, frisos y ménsulas de marmórea policromía, teniendo el castillo central once tubos y los castillos de los laterales trece. No se conservaba ningún elemento de la tubería ni siquiera la de madera. Todos los elementos de hierro, plomo o estaño, fueran de la tubería o del sistema mecánico desaparecieron durante el expolio selectivo realizado en la Guerra Civil.
EL SISTEMA MECANICO Y LOS SECRETOS
El sistema mecánico del órgano estaba medianamente conservado, aunque las maderas y los mecanismos así como especialmente los pieles, evidenciaban el deterioro sufrido por los años y por el vandalismo. Los secretos de ambos teclados conservaban sus ventillas y muelles así como su conformación y ubicación originales, lo que es esencial pues es el mecanismo más complejo del órgano. Todo este material conservado ha proporcionado información valiosísima sobre todo para la reconstrucción del material sonoro del órgano, lo que ha posibilitado hacer una restauración reconstructiva fidedigna que no sólo ha respetado la estética visual del instrumento sino también la sonoridad dieciochesca del original.
Sobre el secreto del órgano mayor sólo existían dos tapas de registros, con sus regletas pertenecientes a los tablones de distribución del aire para los registros de fachada, de los cuales se conservaban cuatro (un tablón para el flautado y tres de la trompetería). El resto de las tapas, regletas y la totalidad de los panderetes y soportes de los mismos, habían desaparecido.
Sobre el secreto del órgano de cadereta se ubicaba, medianamente conservada, el arca de ecos que contenía dos registros para la mano izquierda y cuatro para la mano derecha. El secretillo de contras conservaba sus diez ventillas y sus canales de distribución de aire y, de las pisas, sólo se conservaba la regleta de sujeción trasera ubicada sobre el secreto de cadereta.
Del sistema de tracción de registros sólo se conservaban algunos árboles giratorios del órgano mayor. El sistema de fuelles, aunque muy deteriorado, se conservaba, así como los cortavientos generales de alimentación realizados con manuscritos de antiguos misales, característica común de los órganos de la época.
Como singularidad, en este instrumento, se conservaban, debajo del secreto del órgano mayor, dos huecos para timbales de percusión así como la mecánica que los accionaba. En el órgano barroco español es muy habitual encontrarse con el registro de tambor o timbal, cuyo efecto se conseguía con dos tubos de madera de ciertas dimensiones, sin embargo, es inusual encontrar timbales auténticos. De hecho, es el único órgano en Andalucía que los tiene y en el contrato de encargo del órgano, se especifica lo siguiente “timbales naturales; los costeará la capilla y yo el colocarlos”.